为了使“投入”转化为源源不断的“产出”，普林斯顿大学建立了必要的保障制度和运作机制。例如，在教学方面它采取了以下措施：普林斯顿大学教育的特点就是要求学生在本科阶段就从事独立的研究工作。1999年，来自21个系的学生到非洲、亚洲、中南美洲、欧洲和太平洋周边地区完成了海外研究。除上大课外，10至12个人编成小组辅导班，由教授对学生作为个别辅导。在这里，学生参与的所有书面考试都在荣誉制度下进行，也就是说，没有老师监考。通过所拟订的荣誉誓约，学生们保证不作弊，并对每次考试的结果负责。普林斯顿大学为所有的本科生提供住宿。每个住宿学院都利用课余时间组织各种活动，其中有学术性的，有教育性的，也有文娱性的，使学生的智德体方面都得到更好的训练。

普林斯顿大学包括大学生部和研究生部，有4个学院（38个系）：新泽西学院、工程和应用科学院、建筑和城市设计学院、威尔逊公共和国际事务学院。2000年4月，该校公布了一个与实现大学长期目标有关的，涉及人力、物力、财力等资源状况的Wythes委员会报告（Wythes Committee Report）。报告指出，普林斯顿大学将继续致力于以下两个方面的工作：维持在研究型大学中的领先地位；提供世界上最好的本科生教育。作为一所研究型大学，它试图在知识的创造和应用、研究生教育等方面达到卓越水平。同时，为学生提供学术活动和课外活动所需的资源，使得他们在人类活动的诸多领域担负起领导职责。

普林斯顿大学部共设有63个系及各种系际合作的学习课程；研究所则设有50多个系及3所专业研究学院。研究所自1900年规模初定以来即着重人文、科学及工程等博士人才的培养。除了3所专业学院于博士学位之外另设有硕士学位外，其他各系除了近东及苏联研究和艺术考古音乐学系偶授有硕士学位，其他各系皆秉其培养理论人才的初衷，不授予硕士学位，这种倾向可能是台湾留学生人数在研究生总人数中不显着的原因之一。

虽然理论研究是普大的学风特色，但其仍于学用相辅的信念下创立科际整合的专业研究院。1919年成立建筑学院（the School of Architecture）强调硬体规画及建筑环境的设计，并期藉由政治、经济、社会、行为等学科的熏陶使设计理念能与当地居民及环境相结合。1921年另设立工程和应用科学学院（the School of Engineering and Applied Science），其下共设有五个系，分别是化工系（Chemical Engineering）、电机系（Electrical Engineering）、土木工程和作业研究系（Civil Engineering & Operation Research）、电脑科学系（Computer Science）以及机械航空工程系（Mechanical and Aerospace Engineering）；最后成立的专业学院则是威尔逊公共和国际事务学院（the Woodrow Wilson School of Public and International Affairs）成立于1930年。现在有政治经济和历史科际整合的培训计划，目的在于培养具有通才知识的公共行政和国际事务专业分析人才。

普林斯顿大学目前的系科有：人类学系、建筑学系、艺术和考古学系、天体物理科学系、生物学系、化学系、古典学系、比较文学系、计算机科学系、东亚研究系、生态学和进化生物系、经济学系、英语系、地质学和地质物理学系、日尔曼语言文学系、历史学系、数学系、分子生物学系、音乐系、近东研究系、哲学系、物理学系、政治系、心理学系、宗教系、中世纪语言文学系、斯拉夫语言文学系、社学系、统计系、化学工程系、土木工程和运筹学系、电子工程系、机械和航空工程系、威尔逊公共和国际关系学院等。