在台湾地区领导人选举中，国民党候选人马英九获得胜利，民进党候选人谢长廷失败。中国国民党籍候选人马英九、萧万长得票765.87万张，得票率为58.45％；民进党籍候选人谢长廷、苏贞昌得票544.52万张，得票率为41.55%。

国民党候选人马英九表示，人民要求的是改变，只有改变大家才有希望。

马英九在竞选总部发表胜利感言，他表示，他与副总统候选人萧万长得票逾半当选，他指出，这次胜利不是他个人或国民党的胜利，而是全体台湾人民的胜利，要求改变、和谐、改革及开放人民的胜利。

对于国民党候选人马英九当选台湾地区领导人，国际各大媒体纷纷指出，这代表台湾选民期盼重振经济，同时改善与中国大陆的关系。

英国广播公司（BBC）以“彻底胜利”形容马英九的胜选，在国民党掌握国会2/3多数下，马英九获得很强的授权去实现他的政策。报导指出，许多选民最关心的就是摇摇欲坠的经济，而马英九主打的就是承诺会提振经济。但是他提出的许多远大的经济成长目标，在部份分析家看来，这得要马英九的第二个承诺：与中国建立更紧密的经济关系能够落实才能实现。

纽约时报报导，马英九以“具说服力的差距获胜”。台湾选出了“第一个主张拉近与北京经济关系的总统，为显着缓和这块亚洲地区历史最久的冲突点紧绷情势铺路。”

中国方面，则是由国台办发言人李维一代表主任陈云林转达，公投没过是代表台独势力不得人心。不过，对于马萧当选，李维一并未评论。

李维一晚间代表国台办主任陈云林，向台湾驻北京记者表示，“公投没过，是代表台独势力不得人心！”不过，当直接评论对马英九当选的看法，仅强调和平发展是两岸共同的目标。